O Convento de S. João de Deus (que chegou a ser conhecido por Quartel de S. Roque) e depois se transformou em Hospital Militar ou Real ao cuidado dos irmãos dessa Ordem.

Quanto à data da sua construção, pode ver-se durante muitos anos, na soleira de pedra de uma das portas de entrada do edifício, virada à rua principal, o ano de 1674 (D. Pedro II). Na fachada do edifício ainda se pode ver um brasão, que tudo indica, além de estar incompleto seja de D. Pedro II.

Foi aqui criada a Aula de Anatomia e Cirurgia de Chaves, precisamente no dia 8 de Abril de 1789, por iniciativa do cirurgião-mor do exército Manuel José Leitão de Sousa Mourão médico real, antigo físico da Rainha Mariana Vitória, esposa do rei D. José. O curso funcionou em Chaves durante 24 anos. Era um curso de medicina com duração de 5 anos dedicados ao estudo de Anatomia (1º ano), Fisiologia e Patologia (2º ano), Partos, Matéria Médica, Formulação e Vírus Venéreos (3º ano), Princípios de Cirurgia e Operações (4º ano) e Cirurgia Prática (5º ano). Estas aulas funcionavam também em cursos idênticos nos Hospitais Militares do Porto, Almeida, Elvas e Tavira, tendo merecido o de Chaves a maior constância e renome.

Manuel José Leitão regeu aqui a cadeira de anatomia e Cirurgia durante 8 anos. O curso de medicina em Chaves (Madalena) terminou em 1811, no tempo das Invasões Francesas. O edifício foi abandonado até que em 1834, tento o Hospital como a igreja de São João de Deus, foram recuperados temporariamente até 1851, embora os doentes tivessem ficado ao cuidado de simples enfermeiros.

O Hospital tinha do lado do rio um cemitério exclusivo e do lado de S. Roque um jardim com buchos e canteiros para uso próprio.

O sítio não era também o mais propício para a instalação do Hospital, pelo que as instalações de saúde começaram a mudar-se para o Convento de S. Francisco que, uma vez comprado em 1851, se transformou em Hospital Militar. O edifício, veio ainda a servir por largos anos como Quartel Militar, como Casa de Recolha de Abandonados e depois para Estação Telegráfica. Hoje residência de estudantes.